Os índios Botocudos dominaram a área de floresta do Rio Doce de Colatina até São Mateus, além de parte de Minas Gerais, por três séculos, desde a primeira entrada no rio Doce, ocorrida por volta de 1572, chefiada pelo desbravador português Sebastião Fernandes Tourinho, rumo a Minas Gerais. Entre 1572 e 1921, os índios resistiram com lutas ferozes contra os colonizadores.Os Botocudos começaram a desaparecer a partir de 1921, com o desenvolvimento de Colatina e a sua emancipação política do município de Linhares, ao qual pertencia, e a onda de povoamento da Região Norte começou a partir da construção da Ponte Florentino Avidos, em 1928.

A história conta, que Colatina começou a ser colonizada 37 anos depois do desembarque do donatário português Vasco Fernandes Coutinho na Capitania do Espírito Santo, em dia 23 de maio de 1535, na atual Prainha de Vila Velha, onde fundou o primeiro povoamento. Como era oitava de Pentecostes, o donatário batizou a terra de Espírito Santo, em homenagem à terceira pessoa da Santíssima Trindade.

Para colonizar a terra, Vasco Coutinho dividiu a capitania em sesmarias - terras abandonadas e que, a partir da inclusão deste sistema, deveriam ser cultivadas, fomentando a agricultura e a produtividade. Esses "lotes" foram distribuídos entre os 60 colonizadores que vieram com ele. Como em Vila Velha não oferecia muita segurança contra os ataques dos índios que habitavam a região, Vasco Coutinho procurou em 1549 um lugar mais seguro e encontrou numa ilha montanhosa onde fundou um novo núcleo com o nome de Vila Nova do Espírito Santo, em oposição ao primeiro, que passou a ser chamado de Vila Velha. As lutas contra os índios continuaram até que no dia 8 de setembro de 1551, os portugueses obtiveram uma grande vitória e, para marcar o fato, a localidade passou a se chamar Vila da Vitória e a data como a de fundação da cidade.

Em seus 25 anos como donatário, Vasco Coutinho realizou obras importantes. Além da construção das duas vilas, também ergueu as duas primeiras igrejas locais: Igreja do Rosário, fundada em 1551 (ainda existente) e a Igreja de São João, ambas em Vila Velha.

Também foram construídos os primeiros engenhos de açúcar, principal produto da economia por três séculos. Uma iguaria que reinou absoluta até 1850, quando foi substituída pelo café. Em 1551, o padre Afonso Brás fundou o Colégio e Igreja de São Tiago. Foi esta construção que, após sucessivas reformas, transformou-se no atual Palácio Anchieta, sede do Governo do Estado.

Com a chegada de missionários, foram fundadas as localidades de Serra, Nova Almeida e Santa Cruz, em 1556. Dois anos mais tarde, a vinda de frei Pedro Palácios resultaria na fundação do principal monumento religioso do Estado: o Convento da Penha. Uma homenagem a Nossa Senhora da Penha, padroeira do Espírito Santo.

Colatina em 1572

Nos primórdios da colonização de Colatina, a cruz e a espada marcaram a presença européia, símbolos da fé cristã e do poderio militar. Foram frequentes as lutas pela posse da terra no Vale do Rio Doce, entre a Vila de Regência em Linhares, no Espírito Santo e Aimorés, em Minas Gerais.  O bloqueio da transposição para Minas Gerais era tão difícil que mais tarde, no ciclo do ouro, a região onde está Colatina virou um bloqueio natural contra os invasores europeus, por causa dos índios Botocudos.

Os colonizadores portugueses usavam a Igreja Católica através da ação dos jesuítas e franciscanos, que eram responsáveis pela catequese dos índios e pela assistência religiosa aos colonos e de seus familiares.O colonizador português, responsável pela disseminação do idioma e da fé católica, queria a terra para explorar, plantar e produzir, e, produziu também cultura deixada por tradição nas cantigas de roda, nas brincadeiras infantis, na vestimenta, na culinária e, na arquitetura. Por causa da colonização portuguesa que era comandada por desbravadores lusitanos, entre 1572 e 1821, em 249 anos, a região onde está Colatina, sofreu vários revezes, bons e ruins.

Sebastião Fernandes Tourinho, com Francisco Bruza de Espinosa e Martim de Carvalho, foi um dos primeiros exploradores de origem europeia a percorrer terras hoje pertencentes aos estados do Espírito Santo e de Minas Gerais. As regiões dos hoje municípios de Linhares, Colatina e Baixo Guandu tinham, como porta natural, o Vale do Rio Doce. Por ele, chegavam os primeiros exploradores de origem europeia, vindos da Bahia, à procura da foz desse grande rio. Sabe-se que Sebastião Fernandes Tourinho subiu o rio Doce até a sua origem que é formadapela união do Rio Piranga com o rio do Carmo e o rio Xopotó, poucos quilômetros abaixo do município de Ponte Nova, em Minas Gerais. 

Por isto, os historiadores que contam as histórias dos desbravadores portugueses, falam que Fernandes Tourinho teria entradono rio Doce por Linhares com destino às regiões ricas em pedras preciosas e ouro até as proximidades de proximidades de Vila Rica. Porém teria encontrado na região onde hoje é Colatina, a resistência dos índiosBotocudos, que impediram o desbravador seguir por ali, o seu caminho a Minas Gerais e ter que recuar à foz do Rio Doce em Linhares, e procurar um novo caminho para chegar as terras mineiras.

Só depois de 1650, com o incentivo dos reis de Portugal, intensificaram-se as incursões dos desbravadores de origem europeia nos territórios mineiros. Na época, eram crescentes os boatos da existência de verdadeiros eldorados no interior do País. Essas expedições partiam, entretanto, sem qualquer outro interesse que não o da descoberta de ouro e pedras preciosas e o da captura de índios para a escravidão. Os desbravadores não pretendiam sesmarias e nem se interessavam em se fixar nas terras descobertas.

E foi quando o desbravador português Antônio Rodrigues Arzão por volta de 1692, andara no sentido contrário com cinquenta companheiros pela bacia do rio Doce e chegou ao Espirito Santo, onde fincaram os pés em Linhares que mais tarde criaria a Vila de Colatina, em 1821.  

A história conta que em meados do século XVIII predominava na região de Colatina matas fechadas ocupadas pela tribo indígena Botocudos, primitivos que habitavam a região e eram bravos guerreiros nômades, que viviam principalmente da caça. Foram perseguidos e aniquilados por serem guerreiros. Alguns sobreviventes foram mantidos escravos, prisioneiros do governo. Descendentes ainda restam deles: os Krenak que vivem em reservas no Vale do Rio Doce, no Estado de Minas Gerais, preservando alguns costumes de seus antepassados.